### R code from vignette source 'bmsmanual.Rnw'

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### code chunk number 1: bmsmanual.Rnw:16-17
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options(width=75)


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### code chunk number 2: bmsmanual.Rnw:64-65
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data(attitude)


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### code chunk number 3: bmsmanual.Rnw:68-69
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library(BMS)


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### code chunk number 4: bmsmanual.Rnw:72-73
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att = bms(attitude, mprior = "uniform", g="UIP", user.int=F)


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### code chunk number 5: bmsmanual.Rnw:79-80
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coef(att)


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### code chunk number 6: bmsmanual.Rnw:87-88
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coef(att, std.coefs=T, order.by.pip=F, include.constant=T) 


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### code chunk number 7: bmsmanual.Rnw:94-95
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summary(att) 


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### code chunk number 8: bmsmanual.Rnw:100-101
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topmodels.bma(att)[,1:3]


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### code chunk number 9: bmsmanual.Rnw:106-107
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image(att)


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### code chunk number 10: bmsmanual.Rnw:115-116
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sum(coef(att)[,1])


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### code chunk number 11: bmsmanual.Rnw:120-121
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plotModelsize(att)


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### code chunk number 12: bmsmanual.Rnw:132-133
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att_fixed = bms(attitude, mprior="fixed", mprior.size=2, user.int=T)


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### code chunk number 13: bmsmanual.Rnw:139-140
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att_pip = bms(attitude, mprior="pip", mprior.size=c(.01,.5,.5,.5,.5,.5), user.int=F)


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### code chunk number 14: bmsmanual.Rnw:146-147
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plotModelsize(att_fixed) 


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### code chunk number 15: bmsmanual.Rnw:153-155
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att_random = bms(attitude, mprior="random", mprior.size=3, user.int=F)
plotModelsize(att_random)


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### code chunk number 16: bmsmanual.Rnw:161-162 (eval = FALSE)
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## plotComp(Uniform=att, Fixed=att_fixed, PIP=att_pip, Random=att_random)


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### code chunk number 17: bmsmanual.Rnw:165-166
###################################################
plotComp(Uniform=att, Fixed=att_fixed, PIP=att_pip, Random=att_random, cex=2)


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### code chunk number 18: bmsmanual.Rnw:199-201 (eval = FALSE)
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## data(datafls)
## fls1 = bms(datafls, burn=50000, iter=100000, g="BRIC", mprior="uniform", nmodel=2000, mcmc="bd", user.int=F)


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### code chunk number 19: bmsmanual.Rnw:203-204
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fls1 = BMS:::.flsresultlist('fls1')


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### code chunk number 20: bmsmanual.Rnw:207-208
###################################################
summary(fls1)


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### code chunk number 21: bmsmanual.Rnw:212-213
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plotConv(fls1)


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### code chunk number 22: bmsmanual.Rnw:217-218
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plotConv(fls1[1:100])


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### code chunk number 23: bmsmanual.Rnw:226-227
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pmp.bma(fls1)[1:5,]


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### code chunk number 24: bmsmanual.Rnw:230-231
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colSums(pmp.bma(fls1))


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### code chunk number 25: bmsmanual.Rnw:234-235
###################################################
coef(fls1)[1:5,]


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### code chunk number 26: bmsmanual.Rnw:238-239
###################################################
coef(fls1,exact=TRUE)[1:5,]


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### code chunk number 27: bmsmanual.Rnw:250-251
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fls2 = BMS:::.flsresultlist('fls2')


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### code chunk number 28: bmsmanual.Rnw:253-254 (eval = FALSE)
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## fls2= bms(datafls, burn=20000, iter=50000, g="BRIC", mprior="uniform", mcmc="rev.jump", start.value=0, user.int=F)


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### code chunk number 29: bmsmanual.Rnw:256-257
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summary(fls2)


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### code chunk number 30: bmsmanual.Rnw:261-263
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fls_combi = c(fls1,fls2)
summary(fls_combi)


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### code chunk number 31: bmsmanual.Rnw:277-278
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fls_g5 = BMS:::.flsresultlist('fls_g5')


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### code chunk number 32: bmsmanual.Rnw:280-281 (eval = FALSE)
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## fls_g5 = bms(datafls, burn=20000, iter=50000, g=5, mprior="uniform", user.int=F)


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### code chunk number 33: bmsmanual.Rnw:283-285
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coef(fls_g5)[1:5,]
summary(fls_g5)


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### code chunk number 34: bmsmanual.Rnw:300-301
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fls_ebl = BMS:::.flsresultlist('fls_ebl')


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### code chunk number 35: bmsmanual.Rnw:303-304 (eval = FALSE)
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## fls_ebl = bms(datafls, burn=20000, iter=50000, g="EBL", mprior="uniform", nmodel=1000, user.int=F)


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### code chunk number 36: bmsmanual.Rnw:306-307
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summary(fls_ebl)


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### code chunk number 37: bmsmanual.Rnw:310-311
###################################################
plot(fls_ebl)


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### code chunk number 38: bmsmanual.Rnw:320-321
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fls_hyper = BMS:::.flsresultlist('fls_hyper')


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### code chunk number 39: bmsmanual.Rnw:323-324 (eval = FALSE)
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## fls_hyper = bms(datafls, burn=20000, iter=50000, g="hyper=UIP", mprior="random", mprior.size=7, nmodel=1000, user.int=F)


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### code chunk number 40: bmsmanual.Rnw:326-327
###################################################
summary(fls_hyper)


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### code chunk number 41: bmsmanual.Rnw:331-332
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gdensity(fls_hyper)


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### code chunk number 42: bmsmanual.Rnw:336-337
###################################################
image(fls_hyper)


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### code chunk number 43: bmsmanual.Rnw:345-346
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density(fls_combi,reg="Muslim")


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### code chunk number 44: bmsmanual.Rnw:350-351
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coef(fls_combi,exact=T,condi.coef=T)["Muslim",]


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### code chunk number 45: bmsmanual.Rnw:357-358
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dmuslim=density(fls_hyper,reg="Muslim",addons="Eebl")


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### code chunk number 46: bmsmanual.Rnw:364-365
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quantile(dmuslim, c(0.025, 0.975))


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### code chunk number 47: bmsmanual.Rnw:372-375
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fcstbma= bms(datafls[1:70,], mprior="uniform", burn=20000, iter=50000, user.int=FALSE)

pdens = pred.density(fcstbma, newdata=datafls[71:72,])


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### code chunk number 48: bmsmanual.Rnw:381-382
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plot(pdens, 2)


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### code chunk number 49: bmsmanual.Rnw:388-389
###################################################
quantile(pdens, c(0.05, 0.95))


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### code chunk number 50: bmsmanual.Rnw:395-396
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pdens$dyf(datafls[71:72,1])


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### code chunk number 51: bmsmanual.Rnw:400-401
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plot(pdens, "ZM", realized.y=datafls["ZM",1])


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### code chunk number 52: bmsmanual.Rnw:408-409
###################################################
lps.bma(pdens, datafls[71:72,1])


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### code chunk number 53: bmsmanual.Rnw:498-499
###################################################
data(attitude)


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### code chunk number 54: bmsmanual.Rnw:502-503
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att_full = zlm(attitude,g="UIP")


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### code chunk number 55: bmsmanual.Rnw:506-507
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summary(att_full)


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### code chunk number 56: bmsmanual.Rnw:511-513
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att_best = as.zlm(att,model=1)
summary(att_best)


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### code chunk number 57: bmsmanual.Rnw:518-520
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att_bestlm = lm(model.frame(as.zlm(att)))
summary(att_bestlm)


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### code chunk number 58: bmsmanual.Rnw:529-530
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att_learn = bms(attitude,mprior="uniform", fixed.reg=c("complaints", "learning") )


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### code chunk number 59: bmsmanual.Rnw:539-540
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fls_culture = bms(datafls,fixed.reg=c(1,8:16,24,26:41), mprior="random", mprior.size=28, mcmc="enumeration", user.int=F)


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### code chunk number 60: bmsmanual.Rnw:544-545
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coef(fls_culture)[28:41, ]


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### code chunk number 61: bmsmanual.Rnw:549-550
###################################################
plotModelsize(fls_culture, ksubset=27:41)