### R code from vignette source 'MM.Rnw'

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### code chunk number 1: intro
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options("show.signif.stars" = FALSE)
options(prompt = "R> ", continue = "+  ", width = 70, useFancyQuotes = FALSE)


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### code chunk number 2: setstuff
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options('digits'=5)


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### code chunk number 3: startup
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library("MM")
pm1 <- paras(5,pnames=letters[1:5])
theta(pm1) <- 2
pm1


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### code chunk number 4: randomsample
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set.seed(0)
(sample1 <- rMM(n=10, Y=20, paras=pm1))


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### code chunk number 5: sample.multinomial
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pm2 <- pm1
theta(pm2) <- 1 # revert to classical multinomial
(sample2 <- rMM(n=10, Y=20, paras=pm2))


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### code chunk number 6: lrtest
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support1 <- MM_allsamesum(sample1, paras=pm1)
support2 <- MM_allsamesum(sample1, paras=pm2)


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### code chunk number 7: printsupporttest
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support1-support2


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### code chunk number 8: voting
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data("voting")
cbind(voting,voting_tally)


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### code chunk number 9: change_to_a_dataframe
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Off <- -rowSums(lfactorial(voting))
jj <- glm(voting_tally~-1+(.)+offset(Off),data=as.data.frame(voting),family=poisson)


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### code chunk number 10: lindsey_pol
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Off <- -rowSums(lfactorial(voting))
summary(glm(voting_tally~-1+(.)+offset(Off),
data=as.data.frame(voting),family=poisson))


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### code chunk number 11: use_lindsey_voting
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Lindsey(voting, voting_tally, give_fit = TRUE)


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### code chunk number 12: lindsey_fit
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jjvoting <- Lindsey(voting, voting_tally, give=TRUE)
p.fit <- jjvoting$fit$coefficients[1:3]
p.mle <- p(jjvoting$MLE)


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### code chunk number 13: voting
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data("wilson")
head(non_met)


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### code chunk number 14: gunter_wilson
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wilson <- gunter(non_met)
wilson


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### code chunk number 15: change_to_a_dataframe
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wilson$tbl <- as.data.frame(wilson$tbl)
Off <- -rowSums(lfactorial(wilson$tbl))
jj <- glm(wilson$d~-1+(.)+offset(Off),data=wilson$tbl,family=poisson)


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### code chunk number 16: lindsey_wilson
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attach(wilson)
Off <- -rowSums(lfactorial(tbl))
summary(glm(d~-1+(.)+offset(Off),data=tbl,family=poisson))


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### code chunk number 17: detachwilson
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detach(wilson) 


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### code chunk number 18: use_lindsey_wilson
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Lindsey(wilson,give_fit=TRUE)


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### code chunk number 19: showobservedsuffstats
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summary(suffstats(wilson))


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### code chunk number 20: showexpectedsuffstats
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L <- Lindsey(wilson)


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### code chunk number 21: MM.Rnw:769-770
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expected_suffstats(L,5)


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### code chunk number 22: pollen_shower
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data("pollen")
pollen <- as.data.frame(pollen)
head(pollen)


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### code chunk number 23: usepartitions
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library("partitions")
S(rep(100,4),100)


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### code chunk number 24: setdigits
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options('digits'=3)


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### code chunk number 25: find_p_hat
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p.hat <- colSums(pollen)/sum(pollen)


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### code chunk number 26: find_pollen_variances
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apply(pollen,2,var)


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### code chunk number 27: find_multinomial_variances
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100*p.hat*(1-p.hat)


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### code chunk number 28: calculate_sample_correlation_matrix
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cor(pollen)


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### code chunk number 29: corr_multinomial
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jj <- -outer(p.hat,p.hat)/sqrt(outer(p.hat,1-p.hat)*outer(1-p.hat,p.hat))
diag(jj) <- 1
jj


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### code chunk number 30: fullvariance
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var(pollen)


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### code chunk number 31: calculate_gunter
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jj <- gunter(pollen)
n <- jj$d
y <- jj$tbl
nm <- colnames(pollen)
lind_poll <- Lindsey(pollen, give_fit=TRUE)
fvm <-  lind_poll$fit$fitted.values/nrow(pollen)


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### code chunk number 32: plotter
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par(mfrow=c(2,2))
par(mai=c(0.2,0.2,0.2,0.2)*2)
f <- function(yin,xlimits,ylimits,pine){
  mfm <- tapply(fvm,yin,sum)
  p1 <- sum(n*yin)/sum(100*n)
  i <- 0:100
  fvb <- dbinom(i, 100,p1)
  matplot(i, cbind(fvb, mfm),
          xlab="",ylab="probability",
          main=pine,
          type="b", pch=16, xlim=xlimits, ylim=ylimits)
}

f(y[,1],c(70,100),c(0,0.12),nm[1])
f(y[,2],c( 0, 10),c(0,0.35),nm[2])
legend("topright",lty=1:2,pch=16,col=1:2,legend=c('multinomial','MM'))
f(y[,3],c( 0, 20),c(0,0.14),nm[3])
f(y[,4],c( 0, 10),c(0,0.25),nm[4])


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### code chunk number 33: print_lindsey_pollen
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lind_poll


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### code chunk number 34: datadan
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data("danaher")
danaher


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### code chunk number 35: fishertest
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set.seed(1)
jjfish <- fisher.test(as.array(danaher), sim=TRUE,B=1e6)
jjv <- round(jjfish$p.value*1e6,3)


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### code chunk number 36: danaher.bacon.eggs
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fit <- Lindsey_MB(danaher)
summary(fit)


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### code chunk number 37: asdf
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jj <- coefficients(fit)[6]


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### code chunk number 38: remove_n
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rm(n)


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### code chunk number 39: define_N
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N <- sum(danaher)


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### code chunk number 40: test2
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M <- danaher
M[] <- fitted.values(fit)
M


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### code chunk number 41: MM.Rnw:1021-1023
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bacon <- slice.index(danaher,1)
eggs  <- slice.index(danaher,2)


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### code chunk number 42: MM.Rnw:1024-1026
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sum(bacon*danaher)         # Observed number of bacon purchases
sum(bacon*M)               # Expectation;  matches


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### code chunk number 43: correlation
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sum(bacon*eggs*danaher)/N - sum(bacon*danaher)*sum(eggs*danaher)/N^2
sum(bacon*eggs*M)      /N - sum(bacon*M      )*sum(eggs*M      )/N^2