### R code from vignette source 'Thresher.Rnw'

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### code chunk number 1: libraries
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library(Thresher)


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### code chunk number 2: nbc
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library(MASS)
library(NbClust)
source("NbClust.txt")


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### code chunk number 3: load1
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set.seed(3928270)
ranData <- matrix(rnorm(100*12), ncol=12)
colnames(ranData) <- paste("G", 1:12, sep='')


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### code chunk number 4: thresh1
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thresh1 <- Thresher(ranData)
reap1 <- Reaper(thresh1)


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### code chunk number 5: noise1
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colnames(ranData)[!reap1@keep]


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### code chunk number 6: plot1
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plot(reap1)


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### code chunk number 7: nclust1
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reap1@nGroups 


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### code chunk number 8: heat1
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heat(reap1)


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### code chunk number 9: nbclust1
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nbclust1 <- NbClust(t(ranData), distance="euclidean", min.nc=1, 
         max.nc=10, method="ward.D2", index="trcovw")
nbclust1$Best.nc


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### code chunk number 10: load2
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set.seed(3757871)
rho <- 0.5
nProtein <- 16
splinter <- sample((nProtein/2) + (-3:3), 1)
sigma1 <- matrix(rho, ncol=nProtein, nrow=nProtein)
diag(sigma1) <- 1
sigma2 <- sigma1
sigma2[(1+splinter):nProtein, 1:splinter] <- 0
sigma2[1:splinter, (1+splinter):nProtein] <- 0


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### code chunk number 11: thresh2
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thresh2 <- SimThresher(sigma2, nSample=300)
summary(thresh2@delta)
reap2 <- Reaper(thresh2)
colnames(reap2@data)[1:splinter]
colnames(reap2@data)[(splinter+1):nProtein]


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### code chunk number 12: noise2
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colnames(reap2@data)[!reap2@keep]


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### code chunk number 13: pc2
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reap2@pcdim


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### code chunk number 14: plot2
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plot(reap2)


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### code chunk number 15: nclust2
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reap2@nGroups


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### code chunk number 16: heat2
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heat(reap2)


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### code chunk number 17: nbclust2
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nbclust2 <- NbClust(t(thresh2@data), distance="euclidean", min.nc=1, 
         max.nc=10, method="ward.D2", index="tracew")
nbclust2$Best.nc